Seiring dengan pertumbuhan dan perkembangan PPBU, baik dari kualitas maupun kwantitas, maka pada tahun 1900an jumlah santri/siswa semakin bertambah, sedangkan jumlah unit sekolah yang berada di naungan PPBU untuk tingkat SLTP baru 2 yakni MMP dan MTsN yang memiliki daya tampung siswa yang terbatas, sehingga muncul pemikiran untuk mendirikan lagi sebuah lembaga pendidikan tingkat SLTP yang dibawa naungan dan pengawasan PPBU, Solusi yang direncanakan akhirnya terwujud dengan didirikannya MTs Bahrul Ulum pada tanggal 15 Juli 1990.
Madrash Tsanawiyah Bahrul’Ulum (MTs BU) secara resmi dibuka sesuai dengan ijin pendidikan Madrasah Nomor : 012/YPPBU/VIII/1991 oleh Kepala Kantor Wilayah Departemen Agama Propinsi Jawa Timur.
Disamping bahwa Tambakberas merupakan tumpuan dalam ikut menumbuh kembangkan norma-norma yang islami dengan paham asuhanya. Disamping dengan banyaknya minat wali murid yang ingin memasukan putrinya di Madrasah Tsanawiyah Bahrul ’Ulum dengan kurikulum agama/pesantren.
Dengan perkembangan Mardasah Tsanawiyah yang semakin jaya dan yakin sehingga pada tanggal 1 juli 1993 MTs Bahrul ‘Ulum mendapat jenjang akreditasi terdaftar berdasarkan keputusan kepala kantor Departemen Agama Propinsi Jawa Timur Nomor : WM.0603.PP.03.2/1822/SKP/1996/. Dengan Nomor statistik Madrasah : 212351713071, dan pada tanggal 18 april 1996 MTs Bahrul ‘Ulum mendapat jenjang terkaditasi diakui berdasarkan keputusan Kepala Kantor Departemen Agama Propinsi Jawa Timur Nomor : WM.0603.PP.03.2/1822/SKP/1996/.
Pada tahun ajaran 2003/2004 MTs BU mengalami perombakan sistem pendidikan dengan adanya penambahan program intensif (PLUS) dalam mengembangkan Bahasa Inggris dan Bahasa Arab, namun program tersebut hanya mampu berjalan selama 3 tahun. Hal ini disebabkan banyak faktor, adapun sepanjang sejarah awal berdirinya MTs BU Tambakberas Jombang sampai sekarang
